1 糖鎖が描ける!DrawRINGS

糖鎖がアミノ酸と決定的に違うのは、付加する部分が多数あり、枝分かれが起こるということです。そのため構造(形)を見ることは非常に重要なことなのです。

そこで本研究室では、ユーザーが自由に糖鎖構造を描画することができるDrawRINGSというツールが開発されました。本ツールはfigureのように描画できるだけではなく、KCFの情報からも描画することができ、編集や検索もできます。

更には、検索結果の糖鎖構造に似た構造をデータベースから検索することができるなど、関連情報への探索も可能にした便利なツールです。

それではDrawRINGSを実際に使ってみましょう!

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図1: DrawRINGS のトップ画面。キャンバス部分に、各種ボタンを用いて糖鎖構造を描画することができる。テキストエリアでは KCF 形式のテキストの入出力が可能である。また、描画した構造を検索することが可能である。

DrawRINGS の各種ボタンの機能は次の通りである。

  • Draw Node – 単糖を描画。キャンバス部分のクリックした箇所に、代表的な単糖が表示 され、そのリストから選択した単糖が描画される。その他の単糖は「Other」を選択し、 テキストを入力することで表示できる。
  • Draw Edge – 糖結合を描画。キャンバスに描画された二つの単糖を線で結び、再度線上を クリックすると、一般的な糖結合の配座のリストが表示される。その他の配座は「Other」 を選択し、テキストを入力することで表示できる。
  • Core structure – N 型糖鎖のコア構造や、O 型糖鎖、グリコサミノグリカン、そして Lewis 構造などの、よく見られる糖鎖構造が用意されている。このボタンをクリックし、キャン バス内をクリックすると、これらのコア構造メニューが表示され、クリックした場所に表 示される。
  • Clear All – キャンバス内の構造を全て削除する。
  • Erase Node – 単糖を削除。単糖をクリックすると、削除される。
  • Move Node – 単糖を移動。単糖をドラッグすると、移動することができる。
  • Draw KCF – 右側のテキストエリアに KCF 形式の情報があれば、その構造をキャンバス 内に表示する。
  • KCF Text out – キャンバス内に表示している構造を右側のテキストエリアに KCF 形式 で表示する。
  • Text Clear – 右側のテキストエリアの情報を削除する。
  • Run query – 描画した構造をクエリとして、RINGS のデータベースを検索し、類似して いる順に糖鎖構造を図 2.2 のように、別ウィンドウで表示する。
  • Undo – 最後の動作を取り消す。
  • Redo – 最後に取り消した動作を再度実行する。

DrawRINGS_OUT

図2:DrawRINGS からクエリ検索した画面。検索した構造のスコアと ID、構造の画像が表 示されている。ID か画像をクリックすることでその構造の詳細な情報を閲覧できる。