2 身体中の糖鎖を暴く!GlycomeAtlas

a) Glycome Atlas とは?

糖鎖は、その局在部位と連動して生体内での構造が次々と変化しています。これらの構造変化や局在部位の変化は、糖鎖の機能発現と密接に関係しています。そのため、糖鎖の局在を把握することが糖鎖構造の研究に役立つと考えられます。Glycome Atlas はRINGS 内で公開されているツールで、生体内における糖鎖の局在を、地図帳を開くように閲覧することができます。Glycome Atlas のトップ画面を図 1 として示しました。この図をクリックすれば Glycome Atlas に移動できます。

このツールのメニューは図 1 を見てもわかるように Home、Help、Feedback、Data resource、Data entry の 5 項目からなり、実際各ボタンをクリックすると RINGS のトップ画面、RINGS のマニュアル、意見投稿画面、研究リソース、データ入力画面が表示されます。青枠の部分には、生物種(ヒトとマウス)の切り替えや臓器選択を行う部分と糖鎖の詳細が表示される部分があります。また赤枠の部分には、選択した臓器に登録されている糖鎖が一覧で描画されます。

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図 1 Glycome Atlas のトップ画面

 緑枠で示す部分には、RINGS のトップ画面(Home)、マニュアル(Help)、意見投稿画面(Feedback)移動するためのボタンと、研究リソース(Data resource)、データ入力画面(Data entry)を表示させるためのボタンがあります。青枠の部分には、上部に生物種や臓器を選択するためのボタン、下部に糖鎖の詳細を表示する領域があります。
赤枠の部分には、選択した臓器に登録されている糖鎖が一覧表示されます。

 

b) 研究リソース
研究リソース画面には、CFG の糖鎖プロファイルデータベースへのリンクと共に、
同データベースから収集した糖鎖構造の情報数が生物種、臓器別に記載されています。

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図 2 研究リソース画面

 Data resource ボタンを押すことで、ボップアップウィンドウとして表示されます。
CFG の糖鎖プロファイルデータベースへのリンクと共に、同データベースから収集した糖鎖構造情報の数が生物種、臓器別に記載されています。

 

c) データ入力画面
データ入力画面では、ユーザーが Linear Code 形式の糖鎖構造情報をこのツールに入力することができます。

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図 3 データ入力画面

 Data entry ボタンを押すことで、ポップアップウィンドウとして表示されます。
Linear Code 形式の糖鎖構造情報を入力するテキストボックスと、入力した糖鎖構造を描画するボタン、ツールへの入力ボタン、そして入力のボタンがあります。