6 糖鎖の認識部位が予測できる!ProfilePSTMM

糖鎖を認識するタンパク質などの分子は、糖鎖のある部分を認識して結合します。

インフルエンザなどのウイルスのほとんど全てはこのように糖鎖を介して感染します。

本研究室で開発されたProfilePSTMMを利用すると、糖鎖を認識するタンパク質などが糖鎖のどの部分を認識しているかを予測することができるのです!

具体的に役立った例として、糖鎖アレイデータからレクチンが認識する糖鎖プロファイルを抽出するのに用いられたことがあります。

大量の糖鎖構造の情報から共通なプロファイルを抽出することができるという点では、GlycanMinerに似ていますが、ProfilePSTMMの場合は、共通のプロファイルは部分木に限らず、直接つながっていなくても同時に現れる部分構造が見出されます。

それでは、実際にProfilePSTMMを使ってみましょう!利用手順が次の通りです。

  1. ユーザーは、入力画面で KCF 形式の糖鎖構造情報か Glycan ID を入力またはファイルからロードし、その形式を選択します。GlycanID を使った場合、オプションとして各 ID の右側にタブで区切って数値を指定することもできます。例として、糖鎖アレイの結合親和性の値を用いることができます。
  2. シャッフルする回数を入力します。確率モデルであるため、局所的な最適解が出力される可能性があるため、複数回実行し、最も高いスコアを結果として取り出します。
  3. 最後に run ボタンを押すと解析結果が表示されます。シャッフル回数が多ければ多いほど、時間がかかるが、最適解を探すためには多い数がおすすめです。

ProfilePSTMM_TOP

図 1: ProfilePSTMMの入力画面。ユーザーは、入力画面でKCF形式の糖鎖構造情報かClycan ID を入力またはファイルからロードし、その形式を選択します。次に、シャッフルする回数を入力します。確率モデルであるため、局所的な最適解が出力される可能性があるため、複数回実行し、最も高いスコアを結果として取り出します。そして run ボタンを押すと解析結果が表示されます。

 

ProfilePSTMM_OUT

 

図 2: ProfilePSTMM の結果画面。スコアとプロファイリングの結果が表示されます。